Rada Programowa ustala kierunki działania Stacji, decyduje o wykorzystaniu bazy, stymuluje podejmowanie tematów badawczych, planuje przedsięwzięcia remontowe itp.
W kadencji 2016-2020 skład Rady Programowej Stacji przedstawia się następująco:
Przewodniczący Rady:
dr hab. Zbigniew Celka (Wydz. Biologii)
Członkowie Rady:
prof. dr hab. Jerzy Błoszyk (Wydz. Biologii)
dr Renata Dondajewska (Wydz. Biologii)
dr Lech Kaczmarek (Stacja Ekologiczna w Jeziorach)
prof. dr hab. Andrzej Kostrzewski (Wydz. Nauk Geograficznych i Geologicznych)
prof. UAM dr hab. Maciej Major (Wydz. Nauk Geograficznych i Geologicznych)
prof. UAM dr hab. Andrzej Michałowski (Wydz. Historyczny)
prof. UAM dr hab. Marcin Molski (Wydz. Chemii)
prof. UAM dr hab. Mariusz Pełechaty (Wydz. Biologii, Kierownik Stacji)
prof. UAM dr hab. Waldemar Segiet (Wydz. Studiów Edukacyjnych)
prof. dr hab. Przemysław Wojtaszek (Wydz. Biologii)